超人是现任总统莱克斯·卢瑟心头大患的事实，全世界人民都心照不宣。
但目前为止，只有少数神盾局特工知道，超人也同样是神盾局局长尼克·弗瑞的心头大患。
从战略角度上来说，一个一拳就能打爆地球、全世界的核弹加起来都奈何不了他的神级战斗力，居然只能靠他自己的个人道德约束——尼克·弗瑞觉得，简直就是在拿全人类的脑袋开玩笑。
超人的硬件配置本来就可怕，而不知怎么的，从某个时间节点开始，不少人（特别是大都会的反派们）都发现他的战斗意识突然拔高了一个量级，对自身力量的掌控，简直到了炉火纯青的地步。
2014年，有个干大事的大都会反派，在外太空用数个卫星构建了光线过滤网，成功只让太阳中的红外线过滤进入地球，想借此削弱超人的力量。
这也算是典型的为搞一个人，搞了全球人的案例了。
当神盾局集结力量，准备先解决卫星过滤网时，就见超人一个音爆平地拔空起，在他的超能力消耗殆尽前，冲出地月范围、直达太阳外层。
等在太阳前充能完毕，他又原路返回，热视线轻轻松松把卫星过滤网扫成了灰。
“不错的尝试。”
人间之神漂浮在被神盾局收押的犯人身后，温和地鼓励道，“下次可以试试把过滤网搭在太阳表面，或者只是将你的才华献给天文研究。”
犯人朝他吐口水：“噗噗噗呸呸！！”
由于超人迅速闪避并飞走了，唾沫星子就全都落在了后面的弗瑞脸上。
当然身为神盾局局长，弗瑞又不是小气吧啦的莱克斯·卢瑟，他倒也不可能为了几颗唾沫星子，就对超人持有工作范畴以外的偏见。
只是这时和科尔森偶然聊起超人，弗瑞仰倒在副驾驶座上，一边搓着光脑门一边闭眼伤怀：
“天杀的……我曾经真的信任过他。你知道我坐在这个位置……我跟局里那帮老的小的斗了这么多年，多难得才会全心信任一个人？上一次我付出这种程度的信任时，还是95年遇见惊奇队长那会儿，我那时候才多年轻啊，黑皮小鲜肉……”
科尔森：“嗯嗯嗯对对对这段话你说过两百多次了。别表现得太像个被渣男骗身骗心的小姑娘求求你了。”
2012年到2015年，是神盾局局长过得最艰难的三年。
至今仍未透露名字的神秘人，将九头蛇渗透名单向他全盘托出，而在此之前，升迁局长也没超过5年的尼克·弗瑞，一直傻乎乎地以为，九头蛇早就在二战时期已经被铲除干净了。
神秘人：“在神盾局挑选两个人帮助你。谨慎行事，保持联络。”
于是，弗瑞挑选了自己最忠实的部下，以及跟九头蛇正面打过交道的美国队长。
清理门户，是一件危险而极其复杂的事情，他手里是有名单，但他不可能雇个杀手，把名单上的人都杀干净——令人胆寒的是，潜伏在神盾局半数以上的九头蛇，无论官职还是资历，都比弗瑞要高，他们掌控着神盾局的实际指挥权，是弗瑞的上级、是每年招募的新特工的S.O.、派任务甚至发工资的同事，只要他们想，他们随时可以制造事端，杀了现任神盾局局长，然后再假惺惺地把他的名字挂在勇气之墙上。
虎狼环伺，四面楚歌，弗瑞反倒从心中生出一股狠劲。
可以啊，想跟他玩阴的，那他们就玩阴的。
尼克·弗瑞自知自己没有科尔森、美队他们来得光明磊落，反正他就是偶尔可以不择手段干脏活的人，既然九头蛇敢跟他这种人玩，那就看谁先把谁玩死。
由神秘人提出、并被弗瑞命名为“种子特工”的计划——也称为神盾局内部大换血，就从2012年冬季开始。
科尔森负责招募身份干净的新鲜血液，美队负责训练和确认他们的忠诚度，而弗瑞则将“种子特工”，指派到神盾局最关键的命脉——作战、科研和情报部门。
他们在神盾局有另一个别称——“零级特工”。看起来永远不受重用，甚至连等级都难以提升，也像所有特工一样遵循神盾局的S.O.制度和各项冗杂规章。
但这批人的行动，只听从弗瑞一人指挥。
一开始，“种子特工”只有零星几个，后来像滚雪球一样越来越多。他们是无数不露锋芒的楔子，被牢牢打入神盾局庞大的基层，把九头蛇派来的高级长官们一点点架空。
在计划中，当九头蛇销声匿迹，神盾局彻底完成换血，这一批底层特工，就会成为新神盾局的骨干和中流砥柱。
而在2015年骷髅岛事件前夕，弗瑞终于跟这帮孙子正式撕破脸皮。
九头蛇间谍们回头四顾，才猛然发现自己人已经所剩无几——早被弗瑞一个接一个送上战场或抓把柄下狱了。这才恼羞成怒，准备跟他鱼死网破。
神秘人在秘密频道里说：“近期，九头蛇会实施针对你的暗杀计划。注意隐藏行踪，每隔四小时向我汇报。”
他们合作也有三年了，弗瑞对这个永远掌控第一手信息的匿名伙伴，有了一层薄如纸皮的信任度——对他来说，已经够多了。
但就是有一点，经常让他觉得不爽：
神秘人这个当惯了老大似的命令式语气到底是怎么回事？
老子是神盾局局长，我向你汇报？？？
弗瑞：“要是我从现在起不汇报会怎样？”